IIS Asp.模拟用户官方的解释是：
如果要在非默认安全上下文中运行 ASP.NET 应用程序，请使用 ASP.NET 模拟身份验证。
如果您对某个 ASP.NET 应用程序启用了模拟，那么该应用程序可以运行在以下两种不同的上下文中：作为通过 IIS 身份验证的用户或作为您设置的任意帐户。例如，如果您使用的是匿名身份验证，并选择作为已通过身份验证的用户运行 ASP.NET 应用程序，那么该应用程序将在为匿名用户设置的帐户（通常为 IUSR）下运行。同样，如果您选择在任意帐户下运行应用程序，则它将运行在为该帐户设置的任意安全上下文中。
按照我的理解是这样的，当我们启用了ASP.NET 模拟身份验证，那么它将会覆盖其他的权限设置，程序在运行期间一直都是按照ASP.NET 模拟身份的权限进行。
下面我列举三种情况，说明这个问题：
1. 应用程序池标识：ApplicationPoolIdentity
ASP.NET模拟启用：选择已通过身份验证的用户
匿名身份验证：特定用户IUSR
这样应用程序期间都是按照IUSR的权限在运行，如果是一个具备较高的权限的用户，那么就是按照当前这个用户的权限运行程序。
2. 应用程序池标识：ApplicationPoolIdentity
ASP.NET模拟启用：特定用户
匿名身份验证：特定用户IUSR
这样应用程序期间都是按照特定用户的权限在运行。
3. 应用程序池标识：ApplicationPoolIdentity
ASP.NET模拟禁用
匿名身份验证：特定用户IUSR
这样应用程序期间都是按照各自设置的权限进行运行