1、找到cygwin的etc目录中有一个名为passwd的文件。
2、用写字板打开passwd这个文件，找到以下部分，把其中的windows用户名换成root（共3处都改过来）。
Administrator:unused:500:513:U-PC-201103250049\Administrator,S-1-5-21-1343024091-57989841-1417001333-500:/home/Administrator:/bin/bash
将Administrator替换成root，这个只是改名而已，真正关键部分是红色数字部分，那个才是权限控制，将500和513都改成0，这样才能获取真正的root权限，改成如下：
root:unused:0:0:U-PC-201103250049\root,S-1-5-21-1343024091-57989841-1417001333-500:/home/root:/bin/bash
3、在cygwin的home目录下面建立目录root。
4、启动cygwin进入以后，就会以真正的root权限运行了。
原文地址：http://blog.csdn.net/dlutbrucezhang/article/details/9215693