1.Java是跨平台的,而且Java开发的安全性最高,线程很好控制,运行速度是依据框架而定的,如果用Struts开发Web它的速度会比较平均,但是用JSF它的启动很慢,但是一旦加载完毕后,速度飞快,只要不清楚浏览器记录,它就会永远保持此速度.但是Java也存在许多问题,比如开发速度及其缓慢,搭建框架时需要弄许多配置文件。
2.java是跨平台的，意味着＂一次编写，到处运行＂．编写完了可以再linux和ux也可以一字不改的放在windows运行，.net只能在windows运行，但是windows广泛，所以也占有率高。
3.java安全性，运行环境是一个封闭环境，像沙箱一样，如果下载一个程序有破坏性，沙箱能判断出并起到保护作用．使得很多对安全性要求高的使用java，如：军队，金融，航空等。
4.java是健壮的，如果编写过程中，错一个标点符号，能及时的发现修改。不像ｃ语言，汇编等，不能及时发现类似标点之类的错误，风险很大
简而言之，java简单强大，不需要一个一个自己编写，直接调用组件即可，所以功能是很强大的。
而.net的应用则比较偏向于效率上：
1..NET是微软的王牌,不能跨平台,运行时,速度和Java基本不相上下,但是.NET的开发速度很快,但是安全性总是.NET开发者的瓶颈,在有就是在.NET中的线程很难控制.
2..net的编程效率高，只需要鼠标拖拽即可实现
3.net运行效率高，不能跨平台，所以都是自己的东西，效率高．
4.性能上，中小级的运用，.net效率更高一些．浏览下载速度更快．但是百万级后不如java。
从短期内而言Java仍然是企业级开发的强手货,.NET因为安全性可后期的可维护性差所以不被大企业广泛应用,但是如果是开发非B2B那样需要高安全性的项目,还是.NET比较合适,毕竟中小企业承受不了那样开发缓慢和费用高昂的Java软件。