【文件属性】：
文件名称：hts:biogo高通量测序库
文件大小：569KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-05 05:56:33
Go
高温超导
安装
$ go get github.com/biogo/hts/...
概述
用于Go语言的SAM和BAM处理。
bíogo/ hts为SAM和BAM对齐格式提供了的Go本机实现，通常用于表示高通量基因组数据，BAI，CSI和tabix索引格式以及BGZF块压缩格式。 bíogo/ hts软件包执行并行的读写操作，并能够根据用户指定的缓存方法缓存最近的读取。 bíogo/ hts API的构建旨在为序列比对数据和基础压缩系统提供一致的接口，以帮助简化易用性和工具开发。
用法示例
以下代码实现了samtools view -c -fn -FN file.bam的等效samtools view -c -fn -FN file.bam 。
package main
import (
"flag"
"fmt"
"io"
"log"
"os"
"github.co
【文件预览】：
hts-master
----.travis.yml(310B)
----sam()
--------cigar.go(9KB)
--------read_group.go(7KB)
--------sam_test.go(29KB)
--------parse_header.go(11KB)
--------flag.go(2KB)
--------header.go(14KB)
--------sam.go(5KB)
--------overlap_example_test.go(3KB)
--------record.go(13KB)
--------auxtags.go(13KB)
--------HG00096_1000_test.go(41KB)
--------program.go(5KB)
--------reference.go(8KB)
----paper()
--------paper.md(1KB)
--------examples()
--------paper.bib(993B)
----csi()
--------csi_read.go(5KB)
--------csi_write.go(4KB)
--------csi_test.go(12KB)
--------csi.go(8KB)
----internal()
--------index_write.go(3KB)
--------index.go(9KB)
--------index_read.go(5KB)
----.github()
--------FUNDING.yml(723B)
--------PULL_REQUEST_TEMPLATE(477B)
--------ISSUE_TEMPLATE()
----bam()
--------reader.go(11KB)
--------bam_test.go(82KB)
--------boom_benchmarks_test.go(2KB)
--------merger.go(5KB)
--------writer.go(4KB)
--------merger_example_test.go(4KB)
--------bam.go(360B)
--------index.go(3KB)
--------add_example_test.go(844B)
--------merger_test.go(4KB)
--------HG00096_1000_test.go(622KB)
----CONDUCT.md(378B)
----THIRD_PARTY_LICENSES()
--------Gonum-LICENSE(1KB)
----LICENSE(1KB)
----CONTRIBUTING.md(4KB)
----tabix()
--------tabix.go(7KB)
--------tabix_test.go(2KB)
----codemeta.json(1KB)
----go.sum(3KB)
----cram()
--------cram_test.go(4KB)
--------cram.go(11KB)
--------encoding()
----README.md(4KB)
----fai()
--------testdata()
--------fai.go(6KB)
--------fai_test.go(14KB)
--------file_test.go(2KB)
--------file.go(2KB)
----bgzf()
--------testdata()
--------reader.go(16KB)
--------index()
--------cache()
--------writer.go(6KB)
--------go1_8_test.go(232B)
--------cache.go(5KB)
--------export_test.go(255B)
--------bgzf.go(3KB)
--------bgzf_test.go(31KB)
----go.mod(351B)