ropebwt2:DNA序列的FM索引的增量构建

【文件属性】：
文件名称：ropebwt2:DNA序列的FM索引的增量构建
文件大小：61KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-24 13:24:43
bioinformatics fm-index TeX 介绍 RopeBWT2是用于构建FM索引以收集DNA序列的工具。 它通过从一个序列的末尾开始逐个位置将一个或多个序列逐个位置地插入到现有的伪BWT中来工作。 该算法在很大程度上可以认为是和。 尽管如此，ropeBWT2的独特之处在于，它在构建索引时可以将输入隐式分类为逆序词典顺序（RLO）或逆互补词典顺序（RCLO）。 假设我们有一个单行格式的文件seq.txt 。 可以使用Unix命令来实现RLO： rev seq.txt | sort | rev RopeBWT2能够与FM-index的结构一起执行排序。 因此，以下命令行提供相同的输出： shuf seq.txt | ropebwt2 -LRs | md5sum rev seq.txt | sort | rev | ropebwt2 -LR | md5sum 在此，选项-s启用RLO模式。 同样，以下命令行提供相同的输出（选项

【文件预览】：
ropebwt2-master
----rle.c(5KB)
----kseq.h(9KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----tex()
--------ropebwt2.bib(3KB)
--------natbib.bst(26KB)
--------natbib.sty(34KB)
--------ropebwt2.tex(12KB)
--------Makefile(541B)
--------bioinfo.cls(29KB)
----rle.h(2KB)
----crlf.c(2KB)
----rld0.c(13KB)
----rld0.h(4KB)
----rope.c(9KB)
----README.md(10KB)
----Makefile(525B)
----mrope.c(9KB)
----.gitignore(20B)
----crlf.h(4KB)
----rope.h(2KB)
----mrope.h(3KB)
----main.c(11KB)