描述：mysql-bin.000001、mysql-bin.000002等文件是数据库的操作日志，例如UPDATE一个表，或者DELETE一些数据，即使该语句没有匹配的数据，这个命令也会存储到日志文件中，还包括每个语句执行的时间，也会记录进去的。这主要是用于操作审查和多数据库同步的。ib_logfile则是用来记录InnoDB的表一致性的，只有在当机后才能发挥作用。
解决办法：
没有主从数据库，也不用审查操作，这些文件完全没有任何用处！因此，首先清理一下这些文件。然后编辑mysql配置文件，组织其再记录这些日志，铲草除根。Gentoo的MySQL日志在/etc/mysql/my.cnf。把里面的log-bin这一行注释掉。
然后重启MySQL服务器。