GraphSAINT:基于子图采样,在大规模图数据上实现的归纳学习方法

时间:2024-04-09 09:36:35

1.论文资料

作者:曾涵清博士,南加州大学
论文:在 ICLR 2020 上发表了GraphSAINT: Graph Sampling Based Inductive Learning Method
代码:https://github.com/GraphSAINT/GraphSAINT

2.传统GNN挑战:邻居爆炸(Neighbor Explosion)

邻居爆炸:
GNN会不断地聚合图中相邻节点的信息,则L-层的GNN中每个目标节点都需要聚合原图中L-hop以内的所有节点信息。在大图中,邻节点的个数可以随着L指数级增长。

  • 邻点爆炸式增长,使得GNN的minibatch训练极具挑战性。
  • 受显存的因素限制,GNN在不损失精度的前提下,难以高效地被拓展到大于两层的模型(否则指数爆炸)。

3.现有方法:图采样

GraphSAINT:基于子图采样,在大规模图数据上实现的归纳学习方法

  • Layer-wise Sampling:
  1. 邻居爆炸:在矩阵采样多层时,假设每层采样n个邻居,则会导致n2n^2级别的节点扩充速度。
  2. 领接矩阵稀疏:在矩阵采样的过程中,会导致邻接矩阵稀疏化,丢失一些本来存在的边。
  3. 时间耗费高:每一层卷积都要采样,这就导致计算的时间耗费。

前人工作提出了众多基于采样邻居节点的方法,并利用多类型的聚合函数提高模型的表达能力。大部分现有工作都在探索如何通过对GNN每层的节点进行采样,以降低训练成本。

  • Graph-wise Sampling:
  1. 从原图上采样一个子图下来,在这个子图上做局部的、完全展开的GCN。
  2. 解决了邻居采样的指数化问题,而且可以对采下来的子图进行直接的并行化,就大大的改进了效率。即,可以在preprocess阶段提前采样图,并且可以进行mini batch的加速。
  3. 但是这样的采样往往会丢失一些信息。

4.GraphSAINT:截然不同的采样的视角

  • 属于Graph sampling
  • 从原图中采样子图,在子图上使用GCN学习。
  • 基于极其轻量级的子图采样算法,同时实现了在准确率和复杂度上的显著提升。
  • 提出了适用于大图以及深层网络的,通用的训练框架。
  • 在标准的Reddit数据集上,以100倍的训练时间提速,提高了1%以上的准确率。GraphSAINT:基于子图采样,在大规模图数据上实现的归纳学习方法

4.1.算法流程

将全图进行多次采样,在得到的sub-graph上进行全GCN,然后将多个sub-graph的信息融合起来。
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4.2.子图采样

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本文的采样是基于节点的连通性

  1. 相互影响较大的节点应在同一子图中采样,intra sub-graph的节点是具有强联系的,但这就引入了采样的bias。理想的SAMPLE要求衡量节点连接的联合信息以及属性。但这种算法可能具有很高的复杂度,所以,为简单起见,从图连接性角度定义“影响力”,并设计基于拓扑的采样器。
    2.为了消除保留图连通性特征的采样器引入的偏差,作者引入自行设计的归一化技术,以消除偏差,使得估计量无偏。归一化系数通过pre-processing估计出来。
  2. 每条边的采样概率均不可忽略,使得神经网络能够探索整个特征和标签空间。
  3. 考虑variance reduction(降低采样方差),旨在得到最小方差的边采样概率。

重点是估计每个节点、边、子图的采样概率
节点采样概率:
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边采样概率:
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子图采样概率:
GraphSAINT:基于子图采样,在大规模图数据上实现的归纳学习方法

这篇文章的采样sub-graph的概念应该是介于AS-GCN的“有条件的采样全图”和ClusterGraph的“将图聚类后采样”之间。
由于采样的存在,FastGCN, AS-GCN等在不同的layer计算的是不同的图结构,而GraphSAINT, ClusterGraph可以看做在不同layer都对同一个graph进行特征提取。

4.3.实验结果:优于GCN, SAGE…

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原因分析:

  • GCN相当于full gradient descent,没有batch泛化好。
  • GraphSAGE采样batch方差大,收敛性不好。

参考文献

https://zhuanlan.zhihu.com/p/107107009
https://rman.top/2020/05/20/GraphSAINT%E4%B8%80%E7%A7%8D%E6%97%A0%E5%81%8F%E7%9A%84%E5%9B%BE%E9%87%87%E6%A0%B7%E6%96%B9%E6%B3%95/
https://www.readercache.com/q/EP8b9Dpq4ZAw0ENEKGRr1zGKX5MRjeNY