简介
Zotero优缺点
使用Zotero作为主力文献管理工具的原因：
- 软件本身完全免费并且开源，不存在盗版问题
- 注册后本身只包括 300M 空间同步，但支持 WebDAV 同步，例如 Dropbox 和坚果云等
- 官方的反馈论坛比较活跃，有问题可以快速得到反馈
- 从网站和期刊文章等提取保存出版物数据检索
- 拖入 PDF 的出版物数据准确率高
- 可以和 Word，LibreOffice 集成，方便文献进一步的使用管理强大的第三方插件系统
- 每个条目下可以添加任意数量和格式的附件
使用一个工具首先要了解其上限和下限，Zotero 同样有着比较明显的短板：
- 因为强大所以上手时略显复杂
- 并不是一个完全基于 Web 的工具
- 没有内置的 PDF 阅读工具
- 没有适配于 iOS 和 Android 的官方应用程序
学习路径
最权威和最新的学习资料一定是 官方文档。不过官方文档只有英文版，目前有针对 Zotero 4 旧版本的 中文说明，如果英文吃力可以参考。接下来将参考 博文 给出的 Zotero 的使用和学习路径(如下图)进行学习。
软件与插件安装
使用将所有文件存放至坚果云同步文件夹的方式实现多平台同步。
Zotero安装
从官网下载Zotero安装包，我是Windows平台，所以选择“Zotero 5.0 for Windows”。
下载完成后，运行exe一路下一步安装即可，安装完成后界面如下图所示。
ZotFile 插件安装
进入官网，点击左侧下载按钮，即可下载到需要的xpi文件。下载完成后，打开Zotero，点击“菜单栏-工具-插件”，在新弹出的“Add-ons Manager”窗口中点击右侧齿轮按钮-选择“Install Add-on From File”，选择刚才下载的xpi文件，确认即可。
Zotero 设置
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安装完ZotFile后，重启Zotero，在Zotero中单击“菜单栏-编辑-首选项”，进入设置。
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设置同步，首先登陆账号
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登陆后，关闭文件同步，具体设置如下
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高级中设置数据存储位置，默认在C盘，我调整为E盘中
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开始设置 ZotFile ，在 Zotero 中点击“菜单栏-工具-ZotFile Preferences”，打开 ZotFile 设置窗口。
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设置General Settings。
- “source folder for attaching new files”：监测的文件夹，设置为浏览器下载PDF的默认存储位置
- “location of files”：需要本地存储PDF的位置，我这里设置在坚果云同步文件夹下，以便同步
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设置Tablet Setting。该功能主要用于在平板或手机上查看文献，没有需要可以不设置。
插件安装
插件系统是 Zotero 作为开源软件的独特优势，可以通过 官方插件网站 进行查看。推荐安装的插件包括如下几个
Markdown Here 安装
22年4月诈尸更新，Zotero 6.0及以后版本笔记默认支持Markdown语法，无需单独安装该插件。此处感谢我女朋友的测试
Markdown Here 插件可以使 Zotero 笔记支持 Markdown 语法。
安装可参考博客Zotero导入Markdown here插件
使用时，使用Ctrl+Alt+M快捷键进行切换。注意，修改必须在源代码模式而非预览模式下进行，否则可能会出现数据丢失。
Zotero Scholar Citations
该插件可以在条目的“其它”属性下更新文献的 Google Scholar 引用次数。导入文献的时候这个插件会自动更新，也可以在右键菜单中手动选择更新。
在官网下载后安装即可。
添加内容到文献库
使用浏览器插件
不同于其他工具，通过给浏览器安装 Zotero 插件，可以实现检测并保存当前网页所需文章的功能。
Zotero 的 浏览器插件 称得上可以「保存一切」。当所在的网页呈现出不同的内容时，Zotero 的插件会呈现出不同的图标。例如，如果在CNKI打开期刊论文，Zotero插件就会显示期刊图标
；如果打开硕博士论文，Zotero插件就会显示博士帽图标
。
若需要保存该文献，直接点击图标即可。点击后，浏览器右上角会弹出如下对话框。此时，无需进行任何操作，文献即保存至默认文库中。如果需要跳转文献保存的文库位置，或者为文献添加标签等，可以通过该对话框进行调整。调整完成后，无需进行任何确认，修改即实时完成。
对于支持的文献，Zotero还将下载对应的PDF，重命名后链接至文献条目上，若浏览器页面上显示如下窗口即表示PDF保存成功。
如果一个网页内有多个文献元数据，可以检测到选择需要保存的一个或多个文献。
即便是一篇博客，也可以直接保存。可以看到保存博客等网页时，Zotero依然可以抓取摘要。
关于Zotero具体支持保存的内容，可以在“菜单栏-文件-添加条目”中查看所有支持的条目和摘要匹配格式。
使用各种标识符在应用内添加
Zotero 不仅可以使用浏览器插件添加条目，对于添加文献或者书籍，如果我们知道了它对应的 ISBN，DOI 或 PubMed ID，就可以快速将条目通过标识符添加到库中。
点击工具栏上的“通过标识符添加条目”按钮
，在弹出的窗口(如下图所示)中输入标识符后，按下回车键即可。如果要一次输入多个标识符，在输入第一个标识符后按 Shift + Enter会进入多行模式，随后输入其余标识符（每行一个），并通过 Enter 换行。输入完成符后，再按 Shift + Enter 即可一次导入所有项目。
本地 PDF 文件和各种附件直接拖入应用
如果有已经下载好的 PDF 版本文献，只要直接拖入到应用中即可，Zotero 会自动识别 PDF 文档中的元数据。
和大多数文献管理软件相比，Zotero 有一个非常大的优势就是支持将任意格式的附件添加到某个条目中，例如这里的附件可以是 Excel 格式的电子表格，可以是文献中提到的某一个网页地址，也可以是你自己和文献主题相关的电子实验记录，甚至你还可以将文章中提到的相关代码打包为压缩文件后进行添加。
结合 WebDAV 的同步功能，我们还可以将这些相关资料在多个设备间进行同步，这样就极大的方便了我们对文献相关的各种资料进行整理
从剪贴板快速导入文献元数据
可以将文献数据复制到粘贴板，然后点击快捷键Ctrl+Shift+Alt+I或者“菜单栏-文件-从剪贴板导入”即可。这个方法在导入中国知网的文献数据时特别有用，只要把 EndNote 格式的数据一键复制到剪贴板，就可以直接导入了
从其它工具导入
Zotero 支持从多种工具的数据导入，且支持的导入格式非常丰富。例如 Mendeley 的数据库，Endnote 的 XML 格式，以及常见的 RDF 和 RIS 格式等等。
文献订阅
通常，我们通过邮件订阅或者RSS等方式追文献，而 Zotero 本身也为我们提供了一种非常方便的方法。点击工具栏左侧的“新建文献库”按钮
，选择“新建订阅-来自URL”，
点击 URL 后可以将一些杂志主页提供的 URL 地址直接添加到这里，并且进行更多高级设置，比如更新订阅时间和删除时间等等。
文献和笔记管理
集合与标签
Zotero支持“文件夹”和“标签”两种方式对条目进行管理。Zotero中的集合即可以理解为支持多个层级的文件夹，其层次大致为“文库-分类-子分类……”。文库相当于一个数据库，分类即为一级分类，其下可以建立多级子分类，如下图在一个分类中新建一个子分类。
除了按照目录分类以外，可以为每个文献添加若干个标签。建议标签的使用维度不和集合重合，可以考虑应用维度或者重要性维度。如使用 P1、P2 和 P3 标注文献的重要性，使用「中期」「答辩」等标注一个文献的用途。
每个标签可以设置对应颜色，这个色块也会自动显示在每一个条目的开头，方便查看，一目了然。
对于有关键字的条目，Zotero会将每个关键字都识别为标签。
搜索
在 Zotero 工具类上有快捷搜索控件
，快速搜索支持如下图所示的三种粒度。值得注意的是，通过「所有内容」进行搜索时是可以搜索到PDF文档中的内容。
除了快速搜索以外，Zotero 中还有一种高级搜索方法。高级搜索提供比快速搜索更多更精细的筛选条件，并允许保存搜索内容方便下次使用。点击工具类*「高级搜索」按钮
进入高级搜索界面，搜索支持逻辑判断且可搜索的条目也非常之多。
排序和关联
每个集合都支持显示若干需要的内容并且按照某种方式进行排序，且支持二次排序。点击标题行上的按钮
可以设置显示的列，在下拉菜单中选择二次排序即可设置二次排序依据。
另外，不同的文献之间、文献和笔记之间都可以进行关联。我们可以方便地将关联性强的内容结合到一起。在右侧的条目面板中切换至关联文献，点击添加即可添加与当前条目关联的文献(可设置多个关联文献)。
笔记
每一篇文献支持插入多个笔记。笔记支持的格式内容也非常丰富，例如引用和插入链接以及添加不同层级的标题都没有问题，而且笔记还可以和多篇文献进行关联。
在条目面板中切换至笔记，点击添加即可添加一条笔记，界面如下图所示。
默认笔记本是富文本编辑器，不支持 markdown 语法。但因为 Zotero 的插件和 Firefox 的插件格式相同，我们只需要把 Firefox 的 markdown here 插件稍加修改打包就可以导入 Zotero 中，从而使笔记支持 markdown。具体配置见软件与插件安装节。插件配置好后，使用快捷键Ctrl+Alt+M或者点击“菜单栏-文件-Markdown Here转换”，即可实现Markdown文本和预览的转换。值得注意的是，对Markdown的修改必须在源代码模式下进行，否则可能会发生错误导致内容丢失，不过好处是丢失了以后可以Ctrl+Z撤回。
生成引文和报告
使用文献管理软件，一个非常重要的需求就是在平时写各种论文的过程中插入参考文献。
在Word中插入引文
在Word中插入引文首先需要确保已安装加载项，若未安装请查看Word加载项安装。
查找时，关键字输入完成后再按一下空格才会开始搜索；对于中文人名，姓和名是分隔开的，只能输入其中一种进行搜索，否则找不到结果，如“肖秀荣”，要么搜索“肖”，要么搜索“秀荣”，直接搜索“肖秀荣”多半得不到结果；找到搜索结果后，会在搜索框下方弹出一个浮动条，从中选择一条需要引用的引文即可；如果一个地方需要插入多条引文，在一条引文输入完成后，点击空格，继续查找下一条引文即可。
文章中所有引文插入完成后，在需要显示参考文献的地方放置光标后，点击Zotero加载项上Add/Edit Bibliography按钮，在此处添加参考文献。完成后即会显示文章中插入的所有引文。
文末三个以上英文作者后面也出现“等”的问题解决方法见：[Zotero+Word]Zotero+Word2016参考文献中英文混排，解决et al和等的问题
快速复制
如果只是需要在自己的博客或笔记中插入一些参考文献而不严格的关注引用格式，那么可以直接在Zotero中选中文献后拖入需要插入参考文献的地方即可。
多篇文献右键多种导出
Zotero也可以实现同时输出多篇文献。在Zotero中选中需要引用的多篇文献，右键-由所选条目生成引文目录，在弹出的窗口中设置引文格式、输出模式和输出方法即可。
生成报告
除了插入参考引文之外，Zotero 还给出了另一种导出参考文献的方式——生成报告。
报告是简单的 HTML 页面，概述了所选项目的项目元数据，注释和附件。可以打印它们，也可以将它们发布到网上并通过电子邮件发送。
创建报告可以右键单击中心窗格中的项目或选项，然后选择「由所选条目生成报告」，也可以右键单击左列中的集合，然后选择「从集合生成报告」。
其他内容
协作
Zotero不止可以实现基本的文献管理，也提供了相对完善的协作方式。如果需要和实验室或者多人共享协作一个文献库，那么可以创建一个私有库。我没有这方面的需求，没有详细研究。
Tips
- 在集合列表或项目列表中的键盘上按 +（加号）可以展开所有节点，按 -（减号）则可以折叠
本文参考：