文件名称：snpCLIP:snp过滤工具
文件大小：231KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-06 07:08:02
Java
剪辑剪辑 SNPCLIP 允许研究人员根据一组统计计算对 SNP 数据集进行过滤。 然后用户可以将数据集输出为 SAGE 格式以供进一步处理。 目前，SNPCLIP 允许研究人员根据缺失、等位基因频率、成对连锁不平衡和基因组图区域进行过滤。 1.1 限制 SNPCLIP 目前支持在每个位置具有两个等位基因（或缺失值）的 SNP。 SNPCLIP 的内存使用已针对 SNP 数据的使用进行了优化。 内部数据格式与PLINK 类似。 作为其效率的一个例子，该程序可以仅使用 50 MB 的 RAM（Hapmap 阶段 3 数据）存储超过 162 个个体的 19K SNP。 1.2 理论 1.2.1 降维 降维是一个术语，用于描述对数据集的过滤，以便只保留相关数据。 SNPCLIP 通过使用提供的任何可用过滤器（缺失、等位基因频率等）来减少数据集的维度。 通过减少数据集的维度（在这种情况下，SNP
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snpCLIP-master
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