文件名称：msa_classifier:多序列比对（MSA）分类器
文件大小：14KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 23:03:33
Python
多序列比对（MSA）分类器 背景 通过在断点区域中比对序列并寻找变体“外部”和“内部”之间的过渡，可以使用多重序列比对（MSA）来解析结构变体的断点。 MSA分类器通过按列中行的相对相似度对给定MSA中的每一列进行分类，从而简化了断点解析。 例如，具有完整标识的列由单个整数和枚举基元的元组标识。 下面的示例显示四个碱基的四序列比对，然后是每个列的枚举碱基表示，然后是整个比对上下文中该列类型的枚举。 A A T T A G T T A G - T A A T T 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 2 0 用法 对MSA进行分类。 python classify_msa_columns.py alignment.fasta alignment_classification.tab 输出报告对齐位置，该位置的列的单个整数枚举以及该列的基本枚举。
【文件预览】：
msa_classifier-master
----LICENSE(1KB)
----.gitignore(702B)
----plot_msa.R(532B)
----alignment_classification.png(11KB)
----README.md(2KB)
----classify_msa_columns.py(3KB)
----alignment.fasta(32B)