admixMap:混合和关联映射

【文件属性】：
文件名称：admixMap:混合和关联映射
文件大小：660KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-03 01:40:48
HTML 混合和关联映射管道 上的输出。这管道器具混合物映射管道（即RFMix输出）和/或关联映射上的输出或QC管线。 通过上述管道生成输入并不是完全必要的，尽管这样做可能会减少遇到问题的机会。 在映射之前，将对输入数据进行解析和QC处理，以识别（以及可选地过滤）相关样本，计算主成分并执行基因组控制匹配。 在底部提供了每个步骤的详细说明。 目录 Hardy-Weinberg平衡滤波器 控制匹配 人口结构与血统 全基因组关联图谱（GWAS） 外加剂映射 输出 条件分析（可选） 要求 蛇纹 使用Snakemake协调管道，并在HPC上（或在本地）运行该管道。 要安装snakemake，请首先通过以下方式创建虚拟环境： module load python3/3.6.3_anaconda5.0.1 conda install -c conda-forge mamba mamba create -

【文件预览】：
admixMap-master
----Pipeline_DAG.png(242KB)
----scripts()
--------genesis_prep.R(6KB)
--------get_sHWE_SNPs.R(1KB)
--------PRS.R(2KB)
--------getGlobalAnc.R(3KB)
--------run_sHWE.R(4KB)
--------admixMunge.R(4KB)
--------genesis_conditional_analysis.R(6KB)
--------blink_prep.R(3KB)
--------admixMap2.R(5KB)
--------filter_relateds.R(2KB)
--------admixMap-exploration.Rmd(1KB)
--------header.tex(348B)
--------genesis_gwas.R(6KB)
--------merge_annt.R(4KB)
--------genesis_focal_analysis.R(5KB)
--------admixMap-report.Rmd(23KB)
--------admixAnnt.R(3KB)
--------admixMap-exploration.nb.html(891KB)
--------interval_harmonization.R(2KB)
--------make_plink_genome.sh(2KB)
--------admixMap_SigThresh.R(2KB)
----README.md(29KB)
----workflow()
--------Snakefile(43KB)
--------cluster_yale.yaml(922B)
--------cluster_slurm.yaml(1KB)
--------cluster.yaml(664B)
--------config.yml(5KB)
----accessory()
--------hg19.genome(7KB)