文件名称：cci的matlab代码-pars:处理酵母PARS数据
文件大小：71KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 20:42:59
系统开源
cci的matlab代码处理酵母PARS数据 安装所需的软件 自制程序包 brew install bcftools blast pigz samtools brew tap brewsci/bio brew install mafft raxml brew tap wang-q/tap brew install faops lastz multiz sparsemem curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/wang-q/App-Egaz/master/share/check_dep.sh | bash Perl模块 cpanm App::Fasops App::Rangeops App::Egaz R包 Rscript -e ' install.packages("getopt", repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN") ' Rscript -e ' install.packages("ape", repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.
【文件预览】：
pars-master
----.gitignore(414B)
----strain_non_mosaic.csv(1KB)
----hka_test.py(2KB)
----scer_100.seq.csv(42KB)
----Unused.md(5KB)
----scer.wgs.tsv(7KB)
----stat_SNPs.rmd(25KB)
----blastn_transcript.pl(4KB)
----stats_vars.rmd(12KB)
----README.md(43KB)
----groups.pl(2KB)
----program()
--------count_stem_loop_chi_square.pl(2KB)
--------count_structure_length_gene.pl(5KB)
--------stat_SNPs.R(4KB)
--------subpop.pl(3KB)
--------count_cut_range.pl(3KB)
--------n7.m(918B)
--------count_ACGT_percent.pl(8KB)
--------count_AT_GC_codon.R(14KB)
--------count_AT_GC.update.R(10KB)
--------count_AT_GC_gene_trait.R(8KB)
--------count_AT_GC.R(11KB)
--------n128.m(6KB)
--------count_AT_GC_go_kegg.R(26KB)
--------count_per_gene_ACGT_percent.pl(6KB)
--------count_cds_utr.R(3KB)
--------count_codon_gene.pl(3KB)
--------count_AT_GC_GO_KEGG_SN.R(16KB)
--------count_position_gene.pl(4KB)
----group_phylo.tsv(1KB)
----stats.rmd(2KB)
----process_vars_in_fold.pl(7KB)
----genes.rmd(7KB)
----saccharomyces.tsv(808B)
----read_fold.pl(6KB)
----scer.assembly.tsv(2KB)